I 1700-tallet lå kroen "Slukefter" på skellet mellem Bøstrup og Tranekær sogne. Kroen blev nedlagt af lensgreven fra Tranekær Slot – greve Frederik Ahlefeldt-Laurvig – som i 1802 lod Tranekær Gæstgivergård blive opført på stedet. Den 14. april 1803 fik kroen æren af at blive kongelig priviligeret kro. I 1860 blev den skønne gamle ridestald bygget af gæstgiver W. From ved siden af hovedbygningen.

I den første halvdel af det 19. århundrede tjente Gæstgiveriet også som postkro, inden posttransporterne blev mere regelmæssige, og Tranekær i 1870'ernen fik eget posthus. I Gæstgivergården holdt Tranekærs selskabelige klub omkring år 1900 sine arrangementer, og der har været foredrag med blandt andet Herman Bang.

I 1953 sælges Tranekær Gæstgivergaard fra godset. Kroen har i dag gennemført en nænsom ombygning, og den gamle ridestald tjener i dag som gæstehus med smukke og stemningsfuldt indrettede værelser.

I 2017 fik Tranekær Slotskro Mariah Sama Veith som ny ejer.